首都医科大学儿科学系于2002年建立，以国家儿童医学中心—首都医科大学附属北京儿童医院为依托，整合北京友谊医院、北京宣武医院、北京天坛医院、北京朝阳医院、北京安贞医院、北京同仁医院等30余家临床资源进行儿科学科建设和高级儿科医学人才培养的综合平台，是全国特别是北京市儿童疾病的诊疗基地，以求进一步完善儿童医疗卫生服务体系建设，提高儿科医疗服务能力，缩小区域间医疗技术水平差距，促进医疗资源合理分布和均衡发展。学系拥有国家呼吸系统疾病临床医学研究中心、儿科重症、小儿呼吸、中西医结合儿科、小儿外科和临床护理5个国家临床重点专科建设项目;儿童血液病与肿瘤分子分型、儿童耳鼻咽喉头颈外科疾病、儿童呼吸道感染性疾病、儿童慢性肾脏病与血液净化、出生缺陷遗传学研究5个北京市重点实验室;北京市儿童外科矫形器具工程技术研究中心、小儿先天性心脏病治疗中心、小儿实体瘤治疗中心、儿童睡眠疾病中心等16个市级医疗中心。此外拥有小儿血液中心、小儿急救中心、小儿普外专业、中医脾胃专业、小儿脊柱中心、小儿先心病治疗中心、儿童青少年糖尿病中心、儿童睡眠疾病中心、儿童放射会诊中心、小儿泌尿外科中心、小儿实体瘤治疗中心、小儿外科内镜治疗中心、小儿血液净化中心、儿科疑难病会诊中心、儿童铅中毒防治中心、儿童医学影像中心、儿童心血管病中心等18个临床诊疗中心;“儿童重大疾病国际科技合作基地”示范基地;2017年获批国家儿童医学中心(北京)。拥有中国现代儿科医学奠基人诸福棠、小儿白血病专业学科带头人胡亚美、中国小儿外科创始人之一张金哲等国内儿科界仅有的三位院士，以及突出贡献专家6人，享受国务院政府特殊津贴人员10人，新世纪百千万人才工程国家级人选1人，国家杰出青年科学基金获得者1人，并有34人次先后入选“十百千”人才资助。现有教授、副教授98人，博、硕士研究生导师90人，承担着博士、硕士研究生、长学制儿科专业、护理大专及继续医学教育等多层次教学任务，并设有博士后流动站，每年为社会输送大量优秀儿科人才。

儿科学系在全国儿科界中占有很高的地位，67位专家在中华医学会儿科学会、中华医学会小儿外科学会、中华医学会急诊专科委员会、中华医学会北京分会儿科专科委员会、中华医学会北京急诊医学会、高等医学教育学会儿科医学教育分会、全国儿科主治医师资格考试委员会、北京市住院医师规范化培训儿科、儿外科专科委员会等儿科学术团体任主任委员或副主任委员。在国际儿科界也有着广泛联系及重要影响，张金哲、江载芳、申昆玲等专家在国际儿科学会、太平洋地区小儿外科学会、亚洲小儿外科学会、亚洲儿科学会等国际学术团体中担任负责人。2014-2016年共承担国家级项目54项，其中国家自然科学基金项目41项，发表SCI文章222篇，3年来获批科研经费8798.51万元，获发明专利14项，出版专著34部。