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重症医学科
收治范围包括各种小儿内科、外科危重症和疑难重症患者术前、术后监护及中毒、溺水、车祸等意外伤害病儿。在国内儿科率先开展了有创和无创机械通气、高频通气、一氧化氮吸入、体外膜肺、经皮中心静脉置管、肠内外营养
肿瘤外科
波止血分离技术用于小儿肝肿瘤无血手术和复杂神经母细胞瘤血管骨骼化手术的研究，使得这两个儿童肿瘤治疗的难点得以有效解决。同时与病理团队协作开展了国际标准的神经母细胞瘤、横纹肌肉瘤等的分子分型和危险度分
眼科
拥有专业门诊、病房、医技检查、验光配镜中心、弱视训练、视感知觉治疗工作室为一体的综合性儿童眼病诊疗中心，同时为北京市残联指定残疾评估、康复中心，并托管北京儿童医院保定医院、北京市顺义区妇幼保健院、北京
急诊外科
，于上世纪80年代初创立。是国内成立最早的小儿急诊外科，目前是国内为数不多的、独立的小儿创伤和急症中心。秉承张院士思想，以 “深思熟虑、速战速决”作为科室工作风格，继承北京儿童医院“恭、慈、勤、和”
免疫科
D临床委员会主席、国际儿童风湿病组织PRINTO委员、中华儿科学会免疫青年学组副组长、福棠医学发展中心药学专委会风湿免疫学组副组长、健康传播学组组长单位。科室团队由临床医疗团队、护理团队、临床药师团队
血液二科
更快达到深度分子生物学缓解，降低患儿耐药/不耐受风险，并与国内其他成人慢性粒细胞白血病协作组进行多中心合作，建立儿童慢性粒细胞白血病的靶向治疗诊疗规范，研究长期TKI药物治疗对儿童慢性粒细胞白血病生长
心脏中心—心脏外科二科
2000年开始，心脏外科专业被北京市卫生局认定为北京小儿先心病诊治中心，以小年龄、低体重，复杂畸形为专长，已成功开展各种先心病的外科治疗，包括大动脉调转手术、肺动脉闭锁矫治术、右心室双出口矫治术、主动
膳食科
技师和营养厨师共同研究制作个性化食品，供住院患儿及家长点餐。配奶室设有母乳接收配送中心、处方奶配制中心、流食加工中心，主要保障婴幼儿患者饮食。配奶室设备先进，操作规程严格，营养技师按照医嘱现配现用，
新生儿内科
力检测仪2台，为成功抢救患儿生命提供了保障。2012年开始，新生儿中心成为北京市新生儿急救转运救治中心，与北京市120合作开展了危重新生儿院前主动转运工作，配备了全套进口的新生儿转运暖箱、移动式呼吸机
