北京儿童医院心脏内科和心脏外科分别创建于1960年及1979年。于2003年重新整合心脏内科、心脏外科、超声心动室、心电图室、心功能室、心脏手术室建立了小儿心脏病诊疗中心。经过几代人的不懈努力和前任中心领导的辛勤工作，现已成为国内知名的儿童心脏中心。现任中心主任为李志强教授，担任首都医科大学血管外科学系副主任、中国医师协会体外生命支持专业委员会儿科学组委员、中国医药教育协会心脏外科专家委员会委员、北京医学会心脏外科分会第三届委员、北京医学会小儿外科分会第八届委员。中心共有床位82张，其中重症监护床22张，每年门诊量近23000人次，完成各种心脏手术2000余例。

1、心脏外科专业

2000年开始，心脏外科专业被北京市卫生局认定为北京小儿先心病诊治中心，以小年龄、低体重，复杂畸形为专长，已成功开展各种先心病的外科治疗，包括大动脉调转手术、肺动脉闭锁矫治术、右心室双出口矫治术、主动脉弓中断矫治术、完全肺静脉畸形引流矫治术，完全心内膜垫缺损矫治术，法洛氏四联症矫治术、各型血管环矫治手术、冠状动脉起源异常矫治术，以及复杂先心病的姑息手术如Fontan手术、体肺分流术、腔肺分流术、单源化手术等;目前常见先心病手术成功率>98%，复杂先心病手术成功率>90%，1岁以内新生儿及婴儿占收治病人总数65%以上，最小ECMO辅助成功病例，体重为3.4公斤，最低体重患儿仅为700克，达到国内领先水平。

近年来开展多项先心病微创技术：右侧腋下小切口体外循环治疗先心病，胸腔镜治疗血管环畸形，超声引导下经皮穿刺先心介入封堵手术，以及肥厚性梗阻型心肌病的外科手术治疗，均居国内领先地位。2020年起开展血管外科专业，主要开展儿童血管瘤(深部)和脉管畸形、静脉血栓性疾病、动脉血栓性疾病、多发性大动脉炎、肾动脉狭窄性高血压、儿童肾功能不全血液透析通路、主动脉缩窄、胡桃夹综合征、血管损伤等疾病的开放手术和腔内治疗。为国内目前唯一开设血管外科专业的科室。

曾多次承担北京市政府救治西藏拉萨地区先心病患儿活动;长期与国外多家医院、基金会建立合作关系，开展多次学术交流，定期有美国著名小儿心脏外科医师来京进行复杂先心病会诊手术。

心脏外科承担多项国家自然基金、北京自然基金、首都发展基金等科研项目。并承担首都医科大学研究生、留学生的教学工作。

2. 心脏内科专业

心脏内科病房主要收治来自全国各地的各类严重心律失常、暴发性心肌炎、感染性心肌炎、扩张型心肌病、限制型心肌病、肥厚型心肌病、充血性心力衰竭、感染性心内膜炎、川崎病、高血压、心包积液等各类心脏内科系统疾病，收治专业病人数约150-170人次/月，居全国首位。

心内科导管室具备先进的Ensite NavX三维标测系统，其优势主要表现为更精确快速找到消融靶点、缩短手术时间，使得射频消融治疗小儿快速型心律失常的手术成功率高达95%以上，并有效减少并发症及复发率;显著减少X线曝光，对于房室结双径路的消融甚至可达到零曝光，极大程度地保护了患儿和术者的健康;在某些血流动力学不稳定或不易诱发的心律失常的消融中更具优势。我科目前每年在Ensite 系统三维标测引导下完成小儿心律失常射频消融治疗等百余例，处于国内外儿科领先水平。射频消融主要病种包括室上性心动过速、室性早搏、特发性室性心动过速、房性心律失常等，小儿慢性心律失常的起搏器安装治疗技术、小儿川崎病合并冠状动脉并发症的选择性冠状动脉造影诊断技术。

介入治疗常见先心病，如房间隔缺损、室间隔缺损、动脉导管未闭，肺动脉瓣狭窄、血管瘤、肺内动静脉瘘等，每年达500余例。

3. 心脏超声专业

北京儿童医院心脏超声科是诊断心脏、大血管疾病及引导心血管病介入和手术治疗的专业学科。人员齐备，设备完善，技术水平国内一流。目前全科共有医师及医师助理26名。科室有大型彩色超声诊断仪十余台。主要从事各种小儿心脏和大血管疾病的超声诊断和研究工作。常规开展经胸超声心动图、经食管超声心动图，心脏外科术中监测，心血管介入治疗术中监测，及冠状动脉疾病超声评价、三维超声诊断和研究、组织多普勒技术定量研究等。科室资深专家具有丰富的临床经验，在儿童和新生儿、婴幼儿疑难病例的超声诊断领域享有极高的声誉。北京儿童医院为首都医科大学儿科医学院，心脏超声科承担首都医科大学儿科专业的超声教学工作。与美国、香港等多家儿童医院进行学术交流及项目合作。