中医科成立于1954年，历史悠久，技术力量雄厚，拥有几代中医名家、中西医结合专家。医院先后拥有4名国家级名老中医，2名市级中医药名老专家学术经验继承工作指导老师，5名北京市中医妇幼名医传承工作室指导老师，2个中医名家研究室，2个北京市薪火3+3传承工作室(站)。有一批博士生导师、硕士生导师、教授、副教授等知名专家学者，还有从事中西医结合儿科临床教学多年、经验丰富的主任医师、副主任医师及青年骨干。

中医科是国家临床重点专科，全国示范中医科先进单位，北京市四大中医药研究基地之一，是北京小儿脾胃病重点学科，北京市综合医院示范中医科，首都医科大学中西医儿科硕士研究生培养基地，北京中医药“十病十药”临床研究基地，北京市中医儿科“治未病”中心。2012年获批成立了北京市中西医结合儿科研究所。2023年，国家儿童医学中心北京儿童医院获批国家中西医协同“旗舰”医院试点单位建设项目，中医科获批获批北京市中西医协同“旗舰”科室、北京市十四五中医药重点专科(领超类)。2024年中医科被授予北京中医药学会儿科专委会主任委员单位、北京中西医结合学会儿科专业委员会主任委员单位。

中医科先后获得国家科技成果奖三项，北京市科技成果奖五项，目前还承担多项国家及北京市科研课题。多人在中华中医药学会、中国中西医结合学会、北京市中医药学会、北京市中西医结合学会等组织中，担任主任委员、副主任委员、委员等职务。作为北京市儿科中西医协同的排头兵，中医科在医、教、研、防、科技转化等方面在全国中医儿科界达到领先水平。

中医科建科以来，在金厚如、娄延承、刘韵远、王鹏飞、王敏智、裴学义、孙燕华、陈昭定、闫慧敏等几代名老中医专家的带领下，共同努力，不断进取，发挥集体智慧，不断发掘中医特色与中西医结合治疗优势，深入研究儿科常见病的中西医结合诊治方案。早在60年代末，中医科就参与了“乙型脑炎”等重大疾病防治工作，取得优异成绩，受到北京市政府表彰。70年代在中药治疗腺病毒肺炎的工作中，也取得了突出的成绩。2023年，中医科牵头，会同医院及外院专家，制定了《幼年特发性关节炎中西医结合诊疗指南》《儿童肺炎支原体肺炎中西医结合诊疗方案(2023版)》《北京市儿童新型冠状病毒感染中医药诊治专家共识》等，进一步规范儿童中西医结合诊疗。在这些经验基础上，中医科先后研制了14个中药院内制剂，服务于临床，深受患儿及家长的好评

中医科位于门诊楼八层。共有9个亚专业，包括中西医结合呼吸专业、中西医结合消化专业、中西医结合风湿免疫专业、小儿妇科专业、中西医结合肝病专业、中西医结合肿瘤血液病专业、中西医结合精神心理专业、中西医结合皮肤病专业和中医外治专业。目前中医门诊设有中医普通门诊、专家门诊、专业门诊及专病门诊包括2019年开始，中医科在医院的大力支持下，开设中西医协同联合门诊、MDT门诊。目前已先后开设了中医-消化营养联合门诊、中医-抽动多动精神心理联合门诊、中西医特应性皮炎、湿疹联合门诊、过敏性鼻炎联合门诊(MDT)、中医-保健体重管理联合门诊、新生儿中西医联合门诊、中医内分泌矮小联合门诊、排尿异常MDT门诊等，为患儿提供一站式中西医协同诊疗方案。

中医科设有两个住院病房，开放床位80张，可以满足常见及疑难疾病患儿的中西医协同住院治疗要求。

中医科门诊和病房均根据中医内病外治原理，开展了多项如中药泡洗、熏蒸、中药贴敷、推拿按摩、针灸治疗等中医外治疗法，促进病情康复。